| ECE88 | Zürich - St. Gallen - Bregenz - Lindau-Reutin - Memmingen - Buchloe - München |
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| IC32 | Dortmund - Köln - Mannheim - Stuttgart - Ulm (weiter als RE) - Memmingen - Kempten - Oberstdorf |
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| RB11 | Fürth - Cadolzburg |
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| RB12 | Fürth - Markt Erlbach |
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| RB13 | Ingolstadt - Aichach - Friedberg - Augsburg |
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| RB14 | Eichstädt Stadt - Eichstädt Bahnhof (- Ingolstadt) |
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| RB15 | Ulm - Günzburg - Donauwörth - Ingolstadt - Regensburg |
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| RB16 | (Nürnberg -) Treuchtlingen - Eichstädt - Ingolstadt - München |
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| RB17 | Ingolstadt - Regensburg |
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| RB18 | Bad Rodach - Coburg |
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| RB21 | Gräfenberg - Nürnberg Nordost |
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| RB22 | Ebermannstadt - Forchen (- Bamberg - Lichtenfels) |
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| RB23 | Marktredwitz - Weiden - Regensburg |
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| RB24 | (Bad Rodach -) Coburg - Lichtenfels - Bayreuth - Kirchenlaibach - Marktredwitz - Hof - Bad Steben |
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| RB25 | Bamberg - Lichtenfels - Kronach (- Saalfeld) |
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| RB26 | Bamberg - Ebern |
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| RB27 | Schwandorf - Cham - Furth i Wald |
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| RB28 | Cham - Bad Kötzing - Lam |
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| RB29 | Cham - Waldmüchen |
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| RB30 | Neuhaus - Nürnberg |
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| RB31 | (Nürnberg -) Lauf . Simmelsdorf-Hüttenbach |
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| RB32 | Bogen - Straubing - Neufahrn |
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| RB33 | Landshut - Freising (- München) |
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| RB35 | Plattling - Zwiesel - Bayerisch Eisenstein |
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| RB36 | Zwiesel - Grafenau |
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| RB37 | Zwiesel - Bodenmais |
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| RB38 | Gotteszell - Vietach |
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| RB40 | München - Mühldorf |
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| RB41 | Nürnberg - Neukirchen - Weiden - Neustadt / Mühldorf - Markl - Simbach |
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| RB42 | Mühldorf - Burghausen |
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| RB44 | Landshut - Mühldorf - Wasserburg - Rosenheim |
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| RB45 | Lanshut - Mühldorf - Salzburg |
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| RB46 | Mühldorf - Passau |
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| RB47 | Mühldorf - Hörpolding (- Traunreut - Traunstein) |
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| RB48 | Wasserburg - Ebersberg (- Grafing - München) |
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| RB49 | Traureut - Hörpolding - Traunstein |
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| RB50 | Gemünden - Bad Kissingen - Schweinfurt |
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| RB51 | Neumarkt - Regensburg - Straubing - Plattling |
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| RB52 | Prien - Aschau |
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| RB53 | Traunstein - Ruhpolding / Schlüchtern - Jossa - Gemünden - Würzburg - Schweinfurt - Bamberg |
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| RB54 | München - Rosenheim - Kufstein |
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| RB55 | München - Holzkirchen - Bayrischzell |
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| RB56 | München - Holzkirchen - Schaftlach - Lenggries / Hanau - Kahl - Schöllkrippen |
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| RB57 | München - Holzkirchen - Schaftlach - Tegernsee |
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| RB58 | München - Holzkirchen - Bad Aibling - Rosenheim |
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| RB59 | Traunstein - Waging |
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| RB6 | München - Weilheim - Garmisch-Partenkirchen - Seefeld (- Innsbruck) |
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| RB60 | München - Weilheim - Garmisch-Partenkirchen - Reutte - Vils - Pfronten-Steinach (Ehrwald - Pfronten-Steinach als S7) |
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| RB61 | Roth - Hilpoltstein |
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| RB62 | Pleinfeld - Gunzenhausen |
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| RB63 | Murnau - Oberammergau |
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| RB64 | Garmisch - Grainau |
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| RB65 | München - Weilheim |
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| RB66 | München - Kochel |
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| RB67 | Augsburg - Geltendorf - Weilheim - Schongau |
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| RB68 | München - Geltendorf - Buchloe - Füssen |
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| RB69 | Augsburg - Landsberg |
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| RB73 | Kempten - Pfronten-Steinach |
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| RB74 | Buchloe - Kaufering - Geltendorf - Fürstenfeldbruck - München-Pasing - München Hbf |
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| RB77 | Augsburg - Buchloe - Biessenhofen - Füssen |
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| RB78 | Günzburg - Krumbach (- Mindelheim) |
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| RB80 | (Gemünden - Würzburg -) Steinach - Ansbach - Treuchtlingen |
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| RB81 | Steinach - Bad Windsheim - Neustadt |
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| RB82 | Rothenburg - Steinach |
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| RB85 | Würzburg - Lauda - Osterburken |
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| RB86 | Fugger-Express: Dinkelscherben - Augsburg - München |
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| RB87 | Fugger-Express: Donauwörth - Augsburg - München |
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| RB88 | Aschaffenburg - Miltenberg |
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| RB89 | Aalen - Nördlingen - Donauwörth |
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| RB91 | Wicklesgreuth - Windsbach |
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| RB92 | Lindau-Insel - Wangen (Allgäu) - Kißlegg - Leutkirch - Memmingen |
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| RB93 | Lindau - Friedrichshafen |
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| RB95 | Marktredwitz - Schirnding - Cheb - Hof |
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| RB96 | Hof - Selb |
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| RB98 | Helmbrechts - Münchberg |
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| RB99 | Hof - Münchberg |
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| RE1 | München-Nürnberg-Express: Nürnberg - Allersberg - Ingolstadt - München |
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| RE10 | Würzburg - Kitzingen - Neustadt - Fürth - Nürnberg |
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| RE14 | Franken-Thüringen-Express: Saalfeld - Lichtenfels - Bamberg - Fürth - Nürnberg |
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| RE16 | Nürnberg - Treuchtlingen - Donauwörth - Augsburg |
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| RE17 | (Nürnberg - Treuchtlingen - Donauwörth -) Augsburg - Buchloe - Kempten - Immenstadt - Oberstdorf |
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| RE18 | Ulm - Günzburg - Donauwrth - Ingolstadt - Regensburg (< Eggmühl | Passau) |
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| RE19 | Franken-Thüringen-Express: Sonneberg - Bamberg - Fürth - Nürnberg |
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| RE2 | alex: Hof - Weiden - Regensburg - Landshut - München |
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| RE20 | Franken-Thüringen-Express: Leipzig - Jena - Saalfeld - Lichtenfels - Bamberg - Fürth - Nürnberg |
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| RE22 | Flughafenexpress: Regensburg - Flughafen München |
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| RE23 | Marktredwitz - Weiden - Regensburg |
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| RE3 | Donau-Isar-Express: Passau - Landshut - München |
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| RE30 | (Hof -) Bayreuth - Pegnitz - Nürnberg |
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| RE31 | Hof - Marktredwitz < Kirchenlaibach - Pegnitz - Nürnberg (| Weiden - Regensburg) |
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| RE32 | Nürnberg - Pegnitz - Bayreuth |
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| RE35 | Bamberg - Lichtenfels - Hof |
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| RE38 | Lichtenfels - Bayreuth |
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| RE39 | Lichtenfels - Hof |
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| RE4 | München - Mühldorf (- Simbach) |
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| RE40 | Nürnberg - Neukirchen - Schwandorf - Regensburg |
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| RE43 | Nürnberg - Neukirchen - Amberg (- Schwandorf - Regensburg) |
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| RE47 | Nürnberg - Neukirchen - Amberg - Schwandorf - Cham - Furth i Wald |
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| RE5 | München - Rosenheim - Traunstein - Salzburg |
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| RE50 | Nürnberg - Regensburg - Landshut - München |
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| RE54 | Frankfurt - Aschaffenburg - Würzburg - Schweinfurt - Bamberg |
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| RE55 | Frankfurt - Aschaffenburg < Würzburg (| Schweinfurt - Bamberg) |
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| RE57 | Würzburg - Schweinfurt - Bad Kissingen |
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| RE60 | Nürnberg - Treuchtlingen |
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| RE61 | München - Weilheim - Garmisch-Partenkirchen - Mittenwald |
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| RE62 | München-Weilheim - Garmisch-Partenkirchen - Lermoos |
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| RE68 | München - Geltendorf - Buchloe - Füssen |
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| RE7 | Augsburg - Buchloe - Kempten - Immenstadt - Lindau-Reutin |
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| RE70 | München - Geltendorf - Buchloe - Kempten - Immenstadt - Lindau-Reutin |
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| RE71 | Augsburg - Buchloe - Memmingen |
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| RE72 | München - Geltendorf - Buchloe - Memmingen |
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| RE73 | (Augsburg - Buchloe -) Türkheim - Bad Wörishofen |
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| RE74 | München - Geltendorf - Buchloe - Kempten |
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| RE75 | Ulm - Memmingen - Kempten (- Immenstadt - Oberstdorf) |
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| RE79 | Augsburg - Buchloe - Kempten |
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| RE8 | Fugger-Express: Treuchtlingen - Donauwörth - Augsburg - München |
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| RE84 | (Aschaffenburg -) Miltenberg - Amorbach - Seckach |
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| RE87 | (Aschaffenburg -) Miltenberg - Wertheim (- Lauda - Crailsheim) |
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| RE89 | Aalen - Nördlingen - Donauwörth - Augsburg - München |
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| RE9 | Fugger-Express: lm - Günzburg - Augsburg - München |
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| RE96 | München - Buchloe - Memmingen - Kißlegg - Hergatz - Lindau-Insel - Lindau-Reutin |
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| RE98 | Lindau - Bludenz |
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| RS7 | Memmingen - Illertissen - Senden - Neu-Ulm - Ulm |
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| RS71 | Ulm - Neu-Ulm - Senden - Weißenhorn |
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